El municipio de San Pedro Ixcatlán está situado en la parte norte en el estado de Oaxaca. Forma parte de la región de Papaloapm y pertenece al distrito de Tuxtepec. Su posición geográfica se encuentra marcada en el mapa general de la República Mexicana la cual hace que limite en la parte norte con los municipios de San Miguel Soyaltepec y San José Independencia, al sur con San Felipe Jalapa de Díaz y con San Lucas Ojitlán, al oriente con San Miguel Soyaltepec y finalmente en la parte poniente limita con el municipio de San José Tenango. Las coordenadas geográficas entre las que se encuentra ubicado San Pedro Ixcatlán son 18° 09' latitud norte y entre 96° 30' longitud oeste.
La variedad de elevaciones que se encuentran en el territorio del municipio de San Pedro Ixcatlán como montañas, provocan que el municipio se localice a una altitud promedio que oscila entre 40 metros sobre el nivel del mar. En otra información, el área total que comprende al municipio es de 378.82 kilómetros cuadrados. El Instituto Nacional de Estadística y Geografía (INEGI) llevó a cabo el censo de población durante el 2010 en el municipio de San Pedro Ixcatlán. Los resultados obtenidos revelaron que dicho lugar cuenta con 10,371 habitantes.
Se localiza en la región del Papaloapam al norte del estado, en las coordenadas 96º30' longitud oeste y 18º09' latitud norte, a una altura de 40 metros sobre el nivel del mar.
Limita al norte con los municipios de San José Independencia y San Miguel Soyaltepec, al sur con los municipios de San Felipe Jalapa de Díaz y San Lucas Ojitlán, al poniente con el municipio de San José Tenango, al oriente con el municipio de San Miguel Soyaltepec.
Antes de la construcción de la presa, el municipio tenía una extensión territorial de 373 km2, ahora gran parte de sus mejores tierras están bajo las aguas de la presa por lo que muchas de las islas que emergen corresponden jurisdiccionalmente al municipio, pero legalmente pertenecen a la Comisión Nacional del Agua. Actualmente comprende un área de 104.75 km2, que representan el 0.15% con relación al estado.
