San Pedro Ixcatlán o Ixcatlán simplemente, fue fundado antes de la época colonial, o en sus inicios, ya que la iglesia donde hoy se encuentran sus campanas tienen grabados datos de 1600.
Cuentan los viejos Ignacio Suárez Ronquillo y Quirino Sarmiento Ronquillo, que antes de la época colonial Ixcatlán no estaba ubicado en el lugar donde se encuentra hoy; dicen que estaba asentado en Cabeza Tilpan o sea donde nacía el río Tilpan y que en (varios meses del año) está cubierto por las aguas de la presa Presidente Alemán. Hacen referencia que de ese lugar llamado Cabeza de Tilpan los ixcatecos emigraron, debido a que en aquel lugar existían grandes águilas que se llevaban a los niños.
Según los relatos, dicen que trataron de evitar esto poniendo canastos a los niños, pero esto fue imposible, porque las águilas solo fueron burladas un poco de tiempo, pues en el primer intento quitaban la canasta y en el segundo cargaban con los niños.
Por este problema y otros que presentaron, el pueblo de Ixcatlán fundó su residencia en el lugar donde hoy se encuentra; esto sucedió antes de 1500 según datos, eran de la jurisdicción de San Miguel Soyaltepec y que por trueque de campanas por tierras, Ixcatlán o sea San Pedro Ixcatlán, logró las tierras que por estos días son las que forman el municipio; esto es lo que algunos viejos relatan. Leyendo una monografía escrita por Quirino Sarmiento Castillo, persona estudiosa y amante de la investigación, menciona que el predio de San Pedro Ixcatlán fue reconocido por la real ordenanza de la Corona Española de fecha 26 de mayo de 1553, la cual fue firmada por Carlos V.
No se dice si hay algún recibo o comprobante por el trueque realizado de la campana por tierras y dónde se encuentra ahora esa Real Ordenanza, ya que la tradición oral es la que ha prevalecido en muchos asuntos de Ixcatlán; se cuenta de manera muy secreta que muchos señores que tuvieron algún cargo o se les confió algún documento los tienen actualmente en sus domicilios, sería conveniente que los ixcatecos o amigos de este lugar que guarden celosamente los testimonios que corroboren o refuten algunos datos nos lo hicieran llegar (copias u originales) para ampliar y enriquecer la memoria histórica de nuestro pueblo para que las nuevas generaciones conozcan el esfuerzo de nuestros antepasados por construir una sociedad de la que estamos comprometidos a fortalecer día a día.